FTreesは、類似構造検索やde novo デザイン用に開発されたツールです。従来のファーマコフォアやフィンガープリントを使った手法と異なり、より柔軟な類似構造検索を行うことができます。

化合物構造中の官能基が持つ物理化学的特性とそれらの結合からなる２次元記述子Feature Treesとして表現します。クエリとライブラリ化合物間のFeature Treesを比較することで、幾何学的に特性の位置が類似した構造を検出することができます。

FTreesは、リード探索やHTS解析、バーチャルスクリーニングの分野において多くのユーザーから高い評価を得ています。

FTrees-FS は、FTrees の検索対象をフラグメント空間に拡張したオプションモジュールです。フラグメント空間からFragment Treesを選択し、クエリのFeature Treesに適合する新規リード化合物候補をde novo 合成します。10¹⁸個に相当するバーチャル化合物群を5分程度で処理し、高速なFragment-Based Drug Designを可能にします。