ドッキングシミュレーション

ASEDock

Alpha Sphere and Excluded Volume Alignment Docking
 

作成日: 2004年12月27日正式版リリース(2004年11月12日β版作成)

最終改訂日: 2010年5月10日

作成者: 株式会社 菱化システム

 

概要:  MOEの優れた分子表面のポケット探索機能であるAlpha Site Finderを利用した新規ドッキングプログラムとして、2002年、弊社では、AS_Dockを開発しました。 AS_Dockは、Simulated Annealingに替わる精密なドッキング法として、比較的短時間で高い精度のシミュレーションを行うことができるものです。

次いで、2003年には、AS_Dockで得られた知見を発展させ、さらに受容体ポケットの静電特性に基づくファーマコフォアによる構造検索の技術をドッキングに応用した、Pharmacophore Dock を開発しました。 これは、AS_Dockより高速でバーチャルスクリーニングにも適用可能なドッキングプログラムです。

ASEDock は、これら2つのプログラムの長所を取り入れて発展させたものです。即ち、AS_Dockでは、受容体ポケットの形状の鋳型となるアルファサイトにリガンドを重ねる工程に長時間を要しましたが、ASEDockでは、Pharmacophore Dockと同様に、リガンドの配座発生と重ね合わせの工程を分離し、さらに、排除体積効果を効果的に取り込む独自のASEスコアの採用により、短時間で妥当な初期構造を探索することができます。

MOE 2009.10対応版 ASEDockをリリースいたしました。

【 MOE 2009.10対応版 ASEDockについて 】

MOE 2009.10 にて刷新された配座解析法に対応するともに、MOE/smpによる分散処理への対応など様々な機能改善を行いました。
さらに結果のブラウジングやMOE/batch用プログラム出力といったインターフェース部分の改良を行いました。

また新たな試みとして、ドッキング計算に Protonate3D機能を組み込んでリガンド・受容体ポケットのイオン化状態や互変異性体を考慮するオプションを追加しました。

2010.5.10版ではいくつかの不具合が修正されています。


ソースコードの入手:

 弊社MOEサポート受付(ccg@rsi.co.jp) までお問い合わせください。 SVLプログラムファイルをメールにてご送付いたします。




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