Convert Packageは、MDL chemical table v2000フォーマットの各種ファイルと、Daylight SMILES形式の各種ファイルを変換するツール群です。 プログラムをコマンドラインで実行するほか、Daycartから関数として呼び出すことができます。
Convert Packageでは、以下の変換を行うことができます。

各ファイル形式は以下のものです。

SMI（SMILES）ファイル

分子構造や反応式のデータ。

ISM（isomeric SMILES）ファイル

立体配置情報や同位体情報を持つ分子構造や反応式のデータ。

SMA（SMARTS）ファイル

分子構造や反応式のクエリーのデータ。

SMRK（SMIRKS）ファイル

分子構造の変換規則のデータ。

TDT（THOR Data Tree）ファイル

以下のいずれかのTDTデータ。

• ルートノードが$SMIで分子構造や反応式を表すTDT（sub-topicとなる他の識別子の有無は無関係）。
• ルートノードが$SMI以外で構造情報を持たず、sub-topicとなる他の識別子がないTDT。
• ルートノードが$SMI以外でSMAかSMIRKタグで分子構造や反応式または分子構造の変換規則のデータを持ち、sub-topicとなる他の識別子がないTDT。

SQLLDR（SQL Loader）ファイル

Daycartを組み込んだOracleのSQL Loader用の、固有フォーマットのデータファイルとSMILESベースの分子構造ファイル。

molファイル・SDファイル・RGファイル

分子構造やそのクエリーのデータ。

rxnファイル・RDファイル

分子構造、反応式、分子構造のクエリー、反応式のクエリーや分子構造の変換規則のデータ。

いずれのファイル形式も、MDL形式とDaylight形式の両方で表現できる内容のみに対応しています。 なお、MDL形式ファイルのうち、XDファイル、Sグループ機能、v3000フォーマットには対応していません。

その他のファイルフォーマットからの変換

Convert Packageには含まれていませんが、ROSDAL記法やSybyl MOL2形式からDaylight形式への変換プログラムもご用意しております。 なお、ソースコードでのご提供となりますので、コンパイルおよびご利用にはDaylightツールキットが必要です。
詳細はサポート窓口までお問い合わせください。