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次世代シーケンサー&マイクロアレイソフトウェア Partek

Partek Flow 3.0 リリースノート

このリリースノートは、Partek Flow 3.0で搭載された新機能および改良点を記載しています。

機能追加と削除および変更点と不具合修正 3.0.14.0717

機能追加
  • クラスタマシンでの動作
  • 子ノードでの計算実行
  • Linuxパッケージマネージャーによるインストール
  • タスクが失敗した時のエラーログのダウンロードとPartekへの送付
  • 管理者によるプロジェクトへの優先順位付け
  • 実行待ちタスクの詳細な状態表示
  • タスクペインのパイプラインセクションへのパイプラインのインポート
  • 遺伝子を定量した際のレポートから遺伝子レベル/転写産物レベルのリード数のダウンロード
  • 全てのアラインメントプログラムでゲノムへのマッピングを標準に設定
  • STARのsparsityパラメーターオプションの追加
  • STARのインデックスのインポート
  • cuffdiffオプションなしでのcufflinksの実行
  • ペアエンドのデータに対するアラインメント後のQAQCレポートにペアドアラインメントの割合を追加
  • 複数のアラインメント結果を結合した際のアラインメント後QAQCレポートで総リード数とリード数の割合を結合後の値に変更
  • 遺伝子発現解析でサンプル当たりの最小カバレッジオプションを追加
  • 遺伝子を定量したデータノードのタスクペインに3次元PCAのリンクを追加
機能削除
  • WindowsへのFlowサーバーのインストール
  • Flowの管理者としての実行の限定
  • RNA-seqライセンス
  • Velvetアセンブラ
  • Ion AmpliSeqパイプライン
  • SNVの解析結果のフィルター機能
  • 遺伝子発現解析の変量因子の設定
  • プロジェクト管理ページのプロジェクトサイズ表示
  • 遺伝子発現解析結果の生物学的因子の棒グラフ表示
  • 複数のアラインメント結果を結合した時のアラインメント後QAQCレポートでのアラインメント前GC比の表示
変更点
  • 遺伝子発現解析の標準化の改善
  • ホームページの表示
  • 解析結果の数値の書式設定
  • タスクの状態表示と終了時間予測の改善とタスクの優先度設定
  • 遺伝子発現解析結果の新しい詳細表示
  • パイプラインをダウンロードした時のファイル名
  • BAMファイルへ変換した後にSAMファイルを削除
  • Partek SNV Callerのクオリティスコアのデフォルト値を50に変更
  • 遺伝子発現解析で総リード数で標準化をデフォルトに変更
  • 自動ログアウトを0分に設定できないように変更
不具合修正
  • 2.2.3から3.0への設定の移行
  • 動作の安定性、パフォーマンス、リソース管理の改善
  • ゲノムビューアーの表示と動作
  • 遺伝子発現解析結果のフィルタリング、出力、大文字小文字の区別
  • 対比を設定しない時のタスクレポートの生成
  • ペアエンドリードのBAMファイル読込時のペアファイルの識別
  • サンプルがない時のゲノムビューアーの表示
  • アノテーションファイルのインポート
  • サーバーの時計への同期
  • ライブラリファイル作成時のタスクの動作
  • アライメントプログラムのUnalignedデータノードの作成
  • SNOMED CTからのキーワードのインポート
  • iPadでの表示
  • サンプル名を変更した時の既存のデータノードへの影響
  • リソース管理ページのメモリリーク
  • アノテーションモデル作成時のマルチタスクの実行
  • 3次元PCAでのWebGLの有効化を促すメッセージ
  • アラインメント後のQAQCレポートでのサンプル名表示/li>
  • 複数のアラインメント結果を結合した時の長すぎるファイル名
  • タスクがキャンセルされた時の動作
  • タスクやプロジェクトが削除された時の動作


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