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次世代シーケンサー&マイクロアレイソフトウェア Partek

Partek Flow 4.0 リリースノート

このリリースノートは、Partek Flow 4.0で搭載された新機能および改良点を記載しています。

新機能及び変更点 4.0.15.0107

表示機能
  • 階層型クラスタリングのヒートマップ表示
  • ボルケノプロット表示
  • 各サンプルのリード数の箱ひげ図表示
  • カバレッジレポートのターゲットエンリッチメントグラフ
  • ゲノムビューアーでのリードのアラインメント位置表示
  • ゲノムビューアーでのヒストグラムやアラインメント位置表示の平均値や合計での集約表示
  • ゲノムビューアーでのページ右側の詳細情報表示
  • ゲノムビューアーの設定へのアクセスが簡単になるように変更
  • ゲノムビューアーでアノテーション済み一塩基変異の円グラフ表示
  • 各種グラフの高解像度SVGファイルでのダウンロード
統計機能
  • 多次元混合モデルANOVAによる遺伝子発現解析
  • GSAでのカテゴリと数値の交互作用
  • GSAあるいはANOVAの解析結果をフィルタリングした遺伝子リストを新たなノードとして保存
  • GSAでのp値の計算方法のオプション追加
  • GSAとANOVAでの標準化方法のオプション追加
生物学的解釈機能
  • 遺伝子リストのGOエンリッチメント解析
サンプルおよびデータ管理機能
  • タブ区切りテキスト入力
  • テキストファイルでの実験条件入力の際のファイル名あるいはサンプル名の自動認識
  • 数値をシステムレベルあるいはプロジェクトレベルの属性として設定
タスクおよびレポート機能
  • リード長のパーセントまたは塩基数を指定してリードと遺伝子のオーバーラップを検出
  • タスク詳細レポートで標準の値ではないパラメータを赤字で表示
  • BWA 0.7.9aとCuffdiff/Cufflinks 2.2.1の利用
  • cufflinksのパラメーター設定の拡張
  • BWAのパラメーター設定の拡張
  • 全てのサンプルのカバレッジレポートのダウンロード
  • サンプルごとのERCCレポートの表をタブ区切りテキストでダウンロード
  • フュージョンレポートでの検索およびフィルター機能
  • アノテーション済み一塩基変異のVCFファイルでの出力
  • Partek社のWebサイトからパイプラインを直接インポート
プロジェクト機能
  • プロジェクト設定タブをコラボレータータブに変更
  • プロジェクトオーナーによるユーザーまたはグループへの権限(解析可、閲覧のみ)
  • プロジェクトオーナーの変更
リソースおよびキュー管理機能
  • キュータブをログタブに変更
  • 利用中のユーザーの確認
  • タスクの優先度と同時実行可能な最大プロジェクト数の設定
  • リソース管理の詳細化
  • ディスク利用率管理機能の改善
インストール、ライセンスおよびサポート
  • 指名ユーザーおよび同時使用ユーザーのサポート
  • 管理者ユーザーをユーザー数のカウントから排除
  • 新しいヘルプページ


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