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次世代シーケンサー&マイクロアレイソフトウェア Partek

Partek Genomics Suite 6.5 リリースノート

このリリースノートは、Partek Genomics Suite version 6.5で搭載された新機能および改良点を記載しています。

新機能および改良点

次世代シーケンサーデータ解析機能
  • インポート可能なアラインメントまたはリードのファイル形式
    +SAM/BAM
    +Bowtie
    +Illumina Unaligned Reads (s_N_sequence.txt)
    +Illumina ELAND Single End Alignments (s_N_sorted.txt)
    +Illumina ELAND Paired End Alignments (s_N_R_sorted.txt)
    +Illumina ELAND Multiple End Alignments (s_N_eland_extended.txt)
    +Applied Biosystems SOLiD Corona Lite Pipeline (csfasta.ma, csfasta_extend.ma)
    +Applied Biosystems SOLiD WTAP Pipeline (sorted.max.merged.csfasta)
    +Applied Biosystems SOLiD Bioscope Pipeline (BAM files)
    +FASTA, FASTQ Unaligned reads
    +SOAP (imported as a plain text file)
    +SHRiMP (imported as a plain text file)
    +MAQ (imported as a plain text file)
  • ペアエンドリード、ジャンクションリード、マルチプレックスリードの解析機能と表示機能を追加。
  • >リファレンスゲノムとの比較またはサンプル群間で生じた塩基置換を検出する機能を追加。
  • コンセンサス配列またはモチーフモデルのデータベース(例:JASPAR)を用いてCHiP-Seqデータに対して既知の調節モチーフを検出。
  • 次世代シーケンサーデータに対応したヒートマップとアラインメント表示機能を追加。
  • SNP検出やTrioまたはPaired 解析機能など、リシーケンシングデータを解析対象としたDNA-Seqデータ解析ワークフローを追加。
  • 新規シーケンスサンプルを既存ファイルの再インポートせずに追加インポートが可能。
  • SOLiD SAGEデータのインポート機能を追加。
  • シーケンスデータの解析機能と表示機能のパフォーマンスの向上。
  • 領域の絞込みに使用するRegion List Creatorの追加。
  • SOLiD Corona Lite pipelineから出力されたmiRNAシーケンスデータの解析に対応。
  • Bowtieプログラムを用いたアラインメント実行に最大ミスマッチ数とリードあたりの最大アラインメント数のパラメータを設定できる機能を追加。
  • 過分散された計数データをモデル化するのにゼロトランケートされた負の二項分布を用いてCHiP-Seqのピークを検出。
  • QA/QCステップにおいて、エクソン領域、イントロン領域、遺伝子間領域にそれぞれ存在するリード数の分布をレポートする機能を追加。
マイクロアレイデータ解析機能
  • Unpaired解析によるコピー数解析において遺伝子型のバイアスを低減。
  • 局所的なCG含量を用いてコピー数の推算量を修正できる機能を追加。(Wave adjustment)。
  • miRNA用のExiqonアレイを測定したImaGene形式データのインポート機能を追加。。
  • Affymetrix Genotypingのテキストファイルのインポート機能を追加。。
  • Affymetrix ExonアレイとGeneアレイのインポート機能を改良。
それ以外の機能
  • Partek社主催のイベント、トレーニングなどのアナウンスをPartekの画面上で確認できるRSSフィードを追加。
  • Chromosome Viewerを全面的に改良。
  • より多くのアノテーションデータベースへの対応と様々なフォーマットのデータベースの取り扱いをより柔軟に行えるように改良。
  • 大容量データセットの操作性を向上。
    一度に開くことのできるスプレッドシートの上限の設定をなくしました。
  • 一度に複数の実験情報の入力を可能にするサンプル情報編集機能を新規追加。
  • リスト同士の重複を示すベン図の作成が最大5集合まで拡張。
  • ANOVA解析結果の絞込みに使用するリスト作成機能の改良。



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