三菱ケミカルホールディングスグループ
  • 生命科学系分子科学計算ソフトウェア
  • 材料科学系分子科学計算ソフトウェア
  • 化学工学系ソフトウェア
  • 技術計算プットフォーム
  • データ管理・解析システム
  • コンプライアンス対応システム
  • 非接触表面・層断面形状計測システム

多次元データ解析ソフトウェア Partek

ゲノムデータ解析パッケージ Partek Genomics Suite


Partek Genomics Suite

次世代シーケンサー、マイクロアレイ、Partek Genomics Suiteでデータ解析。

Partek Genomics Suiteは、マイクロアレイデータと次世代シーケンサーデータの両方が解析可能な パッケージソフトウェアです。Affymetrix社のGeneChipや Illumina社のBeadArray、Agilent Technologies社、 NimbleGen社のマイクロアレイとIllumina社のGenome Analyzer、Applied Biosystems社のSOLiD、 454 Life Sciences社のGenome Sequencer FLXのデータ解析を行うことができます。優れた解析機能は、 SNPアレイに代表される高密度アレイや次世代シーケンサーのデータ解析を可能にすると共に、遺伝子 発現解析、染色体コピー数解析、エピゲノム解析で利用できる数多くの解析手法を提供しています。 さらに、これらの解析を応用した、DNA解析アレイとRNA解析アレイのデータを始めとした複数の解析データ を統合的に解析できるソリューションも提供しています。解析の結果絞り込まれた遺伝子に関する アノテーション情報や、Gene Ontology解析など生物学的解釈に基づいた解析を行うこともできます。 一方で、アプリケーション別に解析ワークフローを用意しているので、実験を研究業務の中心としている 生物学者でも、様々な解析ができるようにインターフェースが設計されています。

特長

様々なゲノム関連のデータ解析が可能
  • 次世代シーケンサー、マイクロアレイ、qPCRのデータ解析が可能。
  • 遺伝子発現とエピゲノムなど、アプリケーションの異なるデータの比較解析が可能。
  • 次世代シーケンサーとマイクロアレイなど、プラットフォームの異なるデータ解析が可能。
  • カスタムアレイなどのオリジナルフォーマットのデータ解析にも対応。
優れたユーザインターフェース
  • 生データの読み込みから、統計解析、データのグラフ表示、アノテーションまでのデータ解析が可能。
  • アプリケーション毎に、標準的なデータ解析手順を指示する解析ワークフローを用意。
  • 解析結果はグラフまたは一覧表として出力。画像ファイルとして保存またはExcelへコピー&ペーストが可能。
充実したデータ解析機能
  • 解析アプリケーション毎に最新の解析アルゴリズムを多数搭載。
  • 高速な統計解析エンジンを搭載しているので、短時間でデータ処理が可能。
  • 次世代シーケンサーデータまたは高密度DNAチップ(SNPアレイ、Exonアレイ)の大規模データ解析も可能。
多彩なデータ視覚化機能
  • 解析結果を様々な形式のグラフとして表示することが可能。
  • 遺伝子の発現量などの実験情報と遺伝子のアノテーション情報を染色体上に同時にマッピング可能。
  • タイプの異なるアレイ同士の解析データを比較表示することが可能。
  • 作成した画像をイメージファイルとして保存可能。プレゼンテーションの図として利用可能。
豊富なアノテーション、外部リンク機能
  • 公共データベースやアレイメーカーから最新の遺伝子アノテーション情報を自動取得。
  • 遺伝子オントロジ(Gene Ontology)に基づいた遺伝子の解析機能を搭載。
  • 独自のアノテーションデータとの統合も可能。
  • 他社製パスウェイソフト(Ariadne社 Pathway Studio, Ingenuity Systems社 IPA)との連携。
    ※別途ライセンスを購入する必要があります。

マイクロアレイ アプリケーション

Gene Expression
遺伝子発現解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • t検定またはANOVAを用いた2群または3群以上のサンプルによる発現量の比較
  • Fold Changeを用いた発現量の比較
  • p値やFold Changeなどの条件を用いた遺伝子の抽出
  • 抽出した遺伝子群を発現パターンまたはサンプルでクラスタリング
  • Gene Ontologyによる機能解析
miRNA Expression
miRNA発現解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • t検定またはANOVAを用いた2群または3群以上のサンプルによる発現量の比較
  • Fold Changeを用いた発現量の比較
  • p値やFold Changeなどの条件を用いたmiRNAの抽出
  • 抽出したmiRNAを発現パターンまたはサンプルでクラスタリング
  • miRNAと標的遺伝子との関連付け
  • miRNAと標的遺伝子の発現量に相関のあるペアを抽出
Exon Expression
Exonレベル発現解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • スプライシングの異なる遺伝子の検出
  • 発現量の異なるエクソンの抽出
  • 遺伝子レベルとエクソンレベルの両方で発現量を比較
  • エクソンの発現量と染色体のコピー数が相関関係にある領域の検出
Genomic Tiling
タイリングアレイ解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • 転写因子の結合部位の検出
  • 抽出した転写因子とその標的遺伝子の関連付け
Copy Number
染色体コピー数解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • 染色体コピー数の推算(paired解析 / unpaired解析)
  • アレル別コピー数(ASCN)コピー数の算出
  • コピー数異常領域の検出
  • CNVに基づいたサンプルのクラスタリング
  • グループ間で共通しているコピー数異常領域の抽出
  • CNV領域に存在する遺伝子の抽出
  • 既知のCNV領域との比較
  • 遺伝子の発現量と染色体のコピー数が相関関係にある領域の検出
  • unpaired解析用リファレンスデータの作成
LOH Analysis
ヘテロ接合性の消失(LOH)解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • ヘテロ接合性の消失(LOH)領域の検出(paired解析 / unpaired解析)
  • グループ間で共通しているLOH領域の抽出
  • LOH領域とCNV領域の重ね合わせ
  • LOH領域に存在する遺伝子の抽出
  • unpaired解析用リファレンスデータの作成
関連解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • χ検定(アレル、遺伝子型、優性/劣性遺伝子)
  • 連鎖平衡解析
  • ハーディー・ワインバーグ平衡
  • 遺伝子の発現量とSNPが相関関係にある遺伝子の検出

次世代シーケンサー アプリケーション

RNA-seq
遺伝子発現(RNA-seq)解析
  • データのインポート
  • サンプルデータの実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • 既知遺伝子の発現とスプライシングバリアントの検出
  • 2群または3群以上のサンプルのt検定またはANOVAによる遺伝子発現量の比較
  • サンプル間で異なるまたはリファレンスデータと異なるSNPの検出
  • 未知の転写物ピークの検出
  • Gene Ontologyによる機能解析
ChIP-seq
ChIP-seq解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • 転写調節因子の結合部位の検出
  • de Novoモチーフの探索
  • 既知モチーフの検出
  • 転写調節因子の標的遺伝子の同定
  • 転写調節因子と標的遺伝子の発現量との相関解析
DNA-seq
ゲノムリシーケンス解析
  • データのインポート
  • サンプルデータと実験情報の関連付け
  • QA/QCチェック
  • 兄弟間で異なる遺伝子型の検出(SeqDuo)
  • 親子間で異なる遺伝子型の検出(SeqTrio)
  • サンプル間で異なるまたはリファレンスデータと異なるSNPの検出

統合ゲノム解析 アプリケーション

遺伝子発現解析-miRNA解析
発現制御解析-遺伝子発現解析
遺伝子発現解析-染色体コピー数解析
染色体コピー数解析-ヘテロ接合性の消失(LOH)解析
遺伝子発現解析-SNP解析

マイクロアレイと次世代シーケンサーの対応状況

Partek Genomics Suiteは多数のメーカーのマイクロアレイや次世代シーケンサーに対応しています。
また、カスタムアレイにも対応しています。

マイクロアレイ
  • Affymetrix GeneChip-compatible認定アレイ一覧
  • Gene Expression Exon Expression Genomic Tiling Affymetrix GeneChip-compatible認定
    Chromosomal Copy Number SNP Analysis  
  • illumina CONNECT認定アレイ一覧
  • Genotyping (GT) Gene Expression (GEX) illumina CONNECT認定
    Copy Number Variation Analysis (CNV)
  • Agilent Technologies社 DNA Microarrays
  • Gene Expression Oligo aCGH ChIP-on-chip
  • NimbleGen社 マイクロアレイ
  • Gene Expression CGH Tilling
次世代シーケンサー
  • Illumina Genome Analyzer
  • Life Technologies/Applied Biosystems SOLiD
  • Roche/454 Life Sciences

機能一覧

入力機能
  • マイクロアレイファイル、次世代シーケンサーデータファイル、アノテーションファイル、区切り文字入りテキストファイルのインポート、Microsoft Excelから直接インポート、クリップボードを利用したコピー&ペースト
前処理機能
  • 標準化、平滑化、スケーリング、スプレッドシート統合(行、列)、データフィルタリング(行、列)、ランク付け、乱数発生、不要カラムの削除
統計解析機能
  • パラメトリック検定、ノンパラメトリック検定、多重検定、分散解析(ANOVA)、主成分分析(PCA)、クラスター解析、類似検索、予測モデル、相関解析
可視化機能
  • 2Dまたは3Dスキャッタプロット、ドットプロット、XYプロット、スター(ポリゴン)プロット、箱ひげ図、 ヒストグラム、インテンシティプロット、ベン図、ChrView
出力機能
  • 統計データレポート、画像ファイル (PNG、GIF、JPEG、TIFF、PPM、SVG)
その他機能
  • Gene Ontology解析機能、外部データリンク機能、解析ワークフロー、オンラインヘルプ、チュートリアル


関連製品

InforSense
インフォマティクス統合プラットフォーム

このページのトップへ