Partek Genomics Suiteは、マイクロアレイデータと次世代シーケンサーデータの両方が解析可能な パッケージソフトウェアです。Affymetrix社のGeneChipや Illumina社のBeadArray、Agilent Technologies社、 NimbleGen社のマイクロアレイとIllumina社のGenome Analyzer、Applied Biosystems社のSOLiD、 454 Life Sciences社のGenome Sequencer FLXのデータ解析を行うことができます。優れた解析機能は、 SNPアレイに代表される高密度アレイや次世代シーケンサーのデータ解析を可能にすると共に、遺伝子 発現解析、染色体コピー数解析、エピゲノム解析で利用できる数多くの解析手法を提供しています。 さらに、これらの解析を応用した、DNA解析アレイとRNA解析アレイのデータを始めとした複数の解析データ を統合的に解析できるソリューションも提供しています。解析の結果絞り込まれた遺伝子に関する アノテーション情報や、Gene Ontology解析など生物学的解釈に基づいた解析を行うこともできます。 一方で、アプリケーション別に解析ワークフローを用意しているので、実験を研究業務の中心としている 生物学者でも、様々な解析ができるようにインターフェースが設計されています。

様々なゲノム関連のデータ解析が可能

• 次世代シーケンサー、マイクロアレイ、qPCRのデータ解析が可能。
• 遺伝子発現とエピゲノムなど、アプリケーションの異なるデータの比較解析が可能。
• 次世代シーケンサーとマイクロアレイなど、プラットフォームの異なるデータ解析が可能。
• カスタムアレイなどのオリジナルフォーマットのデータ解析にも対応。

優れたユーザインターフェース

• 生データの読み込みから、統計解析、データのグラフ表示、アノテーションまでのデータ解析が可能。
• アプリケーション毎に、標準的なデータ解析手順を指示する解析ワークフローを用意。
• 解析結果はグラフまたは一覧表として出力。画像ファイルとして保存またはExcelへコピー＆ペーストが可能。

充実したデータ解析機能

• 解析アプリケーション毎に最新の解析アルゴリズムを多数搭載。
• 高速な統計解析エンジンを搭載しているので、短時間でデータ処理が可能。
• 次世代シーケンサーデータまたは高密度DNAチップ(SNPアレイ、Exonアレイ)の大規模データ解析も可能。

多彩なデータ視覚化機能

• 解析結果を様々な形式のグラフとして表示することが可能。
• 遺伝子の発現量などの実験情報と遺伝子のアノテーション情報を染色体上に同時にマッピング可能。
• タイプの異なるアレイ同士の解析データを比較表示することが可能。
• 作成した画像をイメージファイルとして保存可能。プレゼンテーションの図として利用可能。

豊富なアノテーション、外部リンク機能

• 公共データベースやアレイメーカーから最新の遺伝子アノテーション情報を自動取得。
• 遺伝子オントロジ(Gene Ontology)に基づいた遺伝子の解析機能を搭載。
• 独自のアノテーションデータとの統合も可能。
• 他社製パスウェイソフト(Ariadne社 Pathway Studio, Ingenuity Systems社 IPA)との連携。
  ※別途ライセンスを購入する必要があります。

miRNA発現解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• t検定またはANOVAを用いた2群または3群以上のサンプルによる発現量の比較
• Fold Changeを用いた発現量の比較
• p値やFold Changeなどの条件を用いたmiRNAの抽出
• 抽出したmiRNAを発現パターンまたはサンプルでクラスタリング
• miRNAと標的遺伝子との関連付け
• miRNAと標的遺伝子の発現量に相関のあるペアを抽出

Exonレベル発現解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• スプライシングの異なる遺伝子の検出
• 発現量の異なるエクソンの抽出
• 遺伝子レベルとエクソンレベルの両方で発現量を比較
• エクソンの発現量と染色体のコピー数が相関関係にある領域の検出

タイリングアレイ解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• 転写因子の結合部位の検出
• 抽出した転写因子とその標的遺伝子の関連付け

染色体コピー数解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• 染色体コピー数の推算(paired解析 / unpaired解析)
• アレル別コピー数（ASCN）コピー数の算出
• コピー数異常領域の検出
• CNVに基づいたサンプルのクラスタリング
• グループ間で共通しているコピー数異常領域の抽出
• CNV領域に存在する遺伝子の抽出
• 既知のCNV領域との比較
• 遺伝子の発現量と染色体のコピー数が相関関係にある領域の検出
• unpaired解析用リファレンスデータの作成

ヘテロ接合性の消失(LOH)解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• ヘテロ接合性の消失(LOH)領域の検出(paired解析 / unpaired解析)
• グループ間で共通しているLOH領域の抽出
• LOH領域とCNV領域の重ね合わせ
• LOH領域に存在する遺伝子の抽出
• unpaired解析用リファレンスデータの作成

関連解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• χ^２検定（アレル、遺伝子型、優性/劣性遺伝子）
• 連鎖平衡解析
• ハーディー・ワインバーグ平衡
• 遺伝子の発現量とSNPが相関関係にある遺伝子の検出

ChIP-seq解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• 転写調節因子の結合部位の検出
• de Novoモチーフの探索
• 既知モチーフの検出
• 転写調節因子の標的遺伝子の同定
• 転写調節因子と標的遺伝子の発現量との相関解析

ゲノムリシーケンス解析

• データのインポート
• サンプルデータと実験情報の関連付け
• QA/QCチェック
• 兄弟間で異なる遺伝子型の検出(SeqDuo)
• 親子間で異なる遺伝子型の検出(SeqTrio)
• サンプル間で異なるまたはリファレンスデータと異なるSNPの検出

遺伝子発現解析-miRNA解析

発現制御解析-遺伝子発現解析

遺伝子発現解析-染色体コピー数解析

染色体コピー数解析-ヘテロ接合性の消失(LOH)解析

遺伝子発現解析-SNP解析

Partek Genomics Suiteは多数のメーカーのマイクロアレイや次世代シーケンサーに対応しています。
また、カスタムアレイにも対応しています。

マイクロアレイ

• Affymetrix GeneChip-compatible認定アレイ一覧

	・	Gene Expression	・	Exon Expression	・	Genomic Tiling
	・	Chromosomal Copy Number	・	SNP Analysis

• illumina CONNECT認定アレイ一覧

	・	Genotyping (GT)	・	Gene Expression (GEX)
	・	Copy Number Variation Analysis (CNV)

• Agilent Technologies社 DNA Microarrays

・

Gene Expression

・

Oligo aCGH

・

ChIP-on-chip

• NimbleGen社 マイクロアレイ

・

Gene Expression

・

CGH

・

Tilling

次世代シーケンサー

• Illumina Genome Analyzer
• Life Technologies/Applied Biosystems SOLiD
• Roche/454 Life Sciences

入力機能

• マイクロアレイファイル、次世代シーケンサーデータファイル、アノテーションファイル、区切り文字入りテキストファイルのインポート、Microsoft Excelから直接インポート、クリップボードを利用したコピー＆ペースト

前処理機能

• 標準化、平滑化、スケーリング、スプレッドシート統合(行、列)、データフィルタリング(行、列)、ランク付け、乱数発生、不要カラムの削除

統計解析機能

• パラメトリック検定、ノンパラメトリック検定、多重検定、分散解析(ANOVA)、主成分分析(PCA)、クラスター解析、類似検索、予測モデル、相関解析

可視化機能

• 2Dまたは３Dスキャッタプロット、ドットプロット、XYプロット、スター(ポリゴン)プロット、箱ひげ図、 ヒストグラム、インテンシティプロット、ベン図、ChrView

出力機能

• 統計データレポート、画像ファイル (PNG､GIF､JPEG､TIFF､PPM､SVG)

その他機能

• Gene Ontology解析機能、外部データリンク機能、解析ワークフロー、オンラインヘルプ、チュートリアル