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ゲノムデータ解析ソフトウェア Partek

NGS/マイクロアレイデータ解析ソフトウェア Partek Genomics Suite


Partek Genomics Suite Partek Genomics Suite

次世代シーケンサーとマイクロアレイのデータを1つのソフトウェアで解析

Partek Genomics Suiteは、次世代シーケンサーとマイクロアレイの両方のデータ解析が可能なソフトウェアです。 イルミナ社(HiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq)、サーモフィッシャーサイエンティフィック社(Ion S5, Ion Proton, Ion PGM)、ロシュ・ダイアグノスティックス社(GS FLX+, GS Junior)の次世代シーケンサーやアフィメトリクス社(GeneChip)、イルミナ社(BeadArray)、アジレント・テクノロジー社のマイクロアレイのデータ解析を行うことができます。 次世代シーケンサーやSNPアレイなど高密度アレイの大容量のデータを高速に解析できます。 実験の目的に応じて遺伝子発現解析、染色体コピー数解析、転写因子結合部位解析、メチル化解析など数多くの解析手法を提供しています。さらに、複数の解析手法を組み合わせた統合解析も可能です。 例えば、遺伝子発現解析と転写因子結合部位解析や染色体コピー数解析とLOH解析などの組み合わせで解析できます。 解析の結果として抽出された遺伝子リストに対して遺伝子オントロジー解析やパスウェイ解析を行って生物学的解釈を得ることができます。 解析結果は様々な形式のグラフやChromosome Viewrで表示できるので論文やスライドの図として利用できます。 目的の解析に対応するワークフローを利用することで、データ解析の経験が豊富でないウェットの研究者も簡単に必要なデータ解析を行うことができます。

特長

次世代シーケンサーとマイクロアレイの両方のデータ解析に対応
  • 次世代シーケンサー、マイクロアレイ、qPCRのデータ解析が可能
  • 遺伝子発現解析とエピゲノム解析など異なるアプリケーションのデータの比較解析が可能
  • 次世代シーケンサーとマイクロアレイなど異なるプラットフォームのデータの比較解析が可能
  • カスタムアレイなどのオリジナルフォーマットのデータ解析にも対応
優れたユーザインターフェース
  • 解析の目的ごとに標準的なデータ解析手順を表示する解析ワークフローを用意
  • データ読込み、品質管理、統計解析、アノテーション情報付加、グラフ表示など一連のデータ解析をナビゲート
  • メニューバーやコンテクストメニューに表示されるコマンドは選択した表やデータに対応して自動的に変化
充実したデータ解析機能
  • 解析アプリケーションごとに最新の解析アルゴリズムを多数搭載
  • 解析アルゴリズムに最適なパラメーターをプリセットとして用意
  • 高速な統計解析エンジンを搭載しているので短時間でデータ処理が可能
  • 次世代シーケンサーデータまたは高密度DNAチップ(SNPアレイ、Exonアレイ)の大規模データも解析可能
多彩なデータ表示機能
  • 解析結果を様々な形式のグラフとして表示することが可能
  • 遺伝子の発現量などの実験情報と遺伝子のアノテーション情報を染色体上に同時にマッピング可能
  • 異なるプラットフォームの解析データやタイプの異なるアレイ同士の解析データを比較表示することが可能
  • 表示した解析結果を画像ファイルとして保存できるので学会発表や論文の図として利用可能
豊富なアノテーション、外部リンク機能
  • 公共データベースやアレイメーカーから最新の遺伝子アノテーション情報を自動取得
  • 遺伝子オントロジー(Gene Ontology)に基づいた遺伝子の解析機能を搭載
  • 独自のアノテーションデータも読込み可能
  • Partek FlowおよびPartek Pathwayとのシームレスな連携

次世代シーケンサーデータ解析のアプリケーション一覧

遺伝子発現解析(RNA-seq)
RNA-seq
  • アラインメント済みリード配列データの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(リードごとのアラインメント数)
  • 既知遺伝子/転写産物/エクソンの発現量の定量化と正規化
  • ANOVAによるサンプル間の発現量の比較
    (遺伝子/転写産物/エクソンの各レベル)
  • ANOVAによるサンプル間の選択的スプライシングの検出
    (転写産物/エクソンの各レベル)
  • 多重検定補正や統計値を用いた遺伝子の絞り込み
  • 絞り込んだ遺伝子の階層型クラスタリング
  • 自己組織化マップ(SOM)
  • サンプル間で異なるSNPまたは参照ゲノム配列と異なるSNPの検出
  • 未知の転写物ピークの検出
  • Gene Ontologyによる機能解析
  • Gene Set ANOVA
miRNA発現解析(small RNA-seq)
  • アライメント済みリード配列データの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(リードごとのアラインメント数)
  • 既知miRNAの発現量の定量化と正規化
  • ANOVAによるサンプル間のmiRNA発現量の比較
  • 多重検定補正や統計値を用いたmiRNAの絞り込み
  • 絞り込んだ遺伝子の階層型クラスタリング
  • 自己組織化マップ(SOM)
  • サンプル間で異なるSNPまたは参照ゲノム配列と異なるSNPの検出
  • miRNAの標的遺伝子との相関解析
  • Gene Ontologyによる機能解析
  • Gene Set ANOVA
ChIP-seq解析
ChIP-seq
  • アラインメント済みリード配列データの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(リードごとのアラインメント数)
  • フラグメント長の予測
  • 転写因子の結合部位の検出
  • 結合部位領域の条件抽出
  • de novoモチーフの探索
  • 既知モチーフの検出
  • 転写因子の標的遺伝子の同定
  • 結合領域のカテゴリー分け
  • 転写開始点からの距離を算出
  • Gene Ontologyによる機能解析
  • 転写因子と標的遺伝子の発現量との相関解析
メチル化解析(MeDIP-seq)
MeDIP-seq
  • アラインメント済みリード配列データの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(リードごとのアラインメント数)
  • メチル化領域の検出
  • メチル化領域の条件抽出
  • メチル化領域の近傍遺伝子の同定
  • メチル化領域のカテゴリー分け
  • サンプル同士のメチル化領域の比較解析
  • ヒルベルト曲線によるメチル化領域の比較
  • 転写開始点からの距離を算出
  • Gene Ontologyによる機能解析
ゲノムリシーケンス解析(DNA-seq)
DNA-seq
  • アラインメント済みリード配列データの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(リードごとのアラインメント数)
  • サンプル間で異なるSNPまたは参照ゲノム配列と異なるSNPの検出
  • 検出されたSNPの条件抽出
  • サンプル間で共通するSNPの検出
  • 検出されたSNPと既知のSNPデータベースの対応付け
  • 検出されたSNPのタンパク質への影響のカテゴリー分け
  • 兄弟間で異なる遺伝子型の検出(SeqDuo)
  • 親子間で異なる遺伝子型の検出(SeqTrio)

マイクロアレイデータ解析のアプリケーション一覧

遺伝子発現解析
Gene Expression
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(QCメトリクス、ヒストグラム、主成分分析)
  • ANOVAによるサンプル間の発現量の比較
  • Source of Variation
  • 多重検定補正や統計値を用いた遺伝子の絞り込み
  • 絞り込んだ遺伝子の階層型クラスタリング
  • 自己組織化マップ(SOM)
  • 検出力分析
  • Gene Ontologyによる機能解析
  • Gene Set ANOVA
miRNA発現解析
miRNA Expression
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(QCメトリクス、ヒストグラム、主成分分析)
  • ANOVAによるサンプル間の発現量の比較
  • 多重検定補正や統計値を用いたmiRNAの絞り込み
  • 絞り込んだmiRNAの階層型クラスタリング
  • 自己組織化マップ(SOM)
  • miRNAの標的遺伝子との相関解析
  • Gene Ontologyによる機能解析
  • Gene Set ANOVA
Exonレベル発現解析
Exon Expression
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(QCメトリクス、ヒストグラム、主成分分析)
  • エクソンの発現量を遺伝子の発現量に集約
  • ANOVAによるサンプル間の遺伝子発現量の比較
  • ANOVAによるサンプル間の選択的スプライシングの検出
  • 多重検定補正や統計値を用いた遺伝子の絞り込み
  • Gene Ontologyによる機能解析
  • Gene Set ANOVA
タイリングアレイ解析
Genomic Tiling
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(ヒストグラム、主成分分析)
  • 転写因子の結合部位の検出
  • 結合部位領域の条件抽出
  • de novoモチーフの探索
  • 既知モチーフの検出
  • 転写因子の標的遺伝子の同定
  • 転写開始点からの距離を算出
  • Gene Ontologyによる機能解析
染色体コピー数解析
Copy Number
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(ヒストグラム、主成分分析)
  • 染色体コピー数の推算(paired解析 / unpaired解析)
  • アレル別コピー数(ASCN)コピー数の算出
  • コピー数異常領域の検出
  • CNVに基づいたサンプルのクラスタリング
  • グループ間で共通しているコピー数異常領域の抽出
  • CNV領域に存在する遺伝子の抽出
  • 既知のCNV領域との比較
  • 遺伝子の発現量と染色体のコピー数が相関関係にある領域の検出
  • Gene Ontologyによる機能解析
  • unpaired解析用リファレンスデータの作成
ヘテロ接合性の消失(LOH)解析
LOH Analysis
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(NCレート、ヘテロコールレート)
  • ヘテロ接合性の消失(LOH)領域の検出(paired解析 / unpaired解析)
  • グループ間で共通しているLOH領域の抽出
  • LOH領域とCNV領域の重ね合わせ
  • LOH領域に存在する遺伝子の抽出
  • unpaired解析用リファレンスデータの作成
関連解析
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(NCレート、ヘテロコールレート)
  • χ検定(アレル、遺伝子型、優性/劣性遺伝子)
  • 連鎖平衡解析
  • ハーディー・ワインバーグ平衡
  • サンプル間で遺伝子型が異なる塩基の検出
  • 親子間で遺伝子型が異なる塩基の検出
  • 遺伝子の発現量とSNPが相関関係にある遺伝子の検出
BeadArrayメチル化解析
BeadArray Methylation
  • マイクロアレイデータの読込み
  • 実験情報の関連付け
  • QA/QC(ヒストグラム、主成分分析)
  • ANOVAによるメチル化状態が変化したCpGサイトの検出
  • CpGアイランドや近傍のSNPでのCpGサイトの絞込み
  • ANOVAによるCpGアイランドごとのメチル化状態の比較
  • 検出したCpGサイトの階層型クラスタリング
  • Gene Ontologyによる機能解析

ゲノム統合解析のアプリケーション一覧

遺伝子発現解析-miRNA解析
  • miRNAと標的遺伝子の発現量の比較
  • 発現量に差のある遺伝子を標的とするmiRNAの探索
  • miRNAと標的遺伝子の発現量の相関解析
遺伝子発現解析-ゲノムコピー数解析
  • ゲノムコピー数異常領域の近傍に存在する遺伝子の抽出
  • ゲノムコピー数異常領域と遺伝子の発現量が相関関係にある領域の抽出
  • ゲノムコピー数異常領域とExonの発現量が相関関係にある領域の抽出
  • Copy Number ANOVA
ゲノムコピー数解析-LOH解析
  • ゲノムコピー数異常領域とLOH領域の共通領域の抽出と分類
  • 複数サンプルで共通している領域の抽出
遺伝子発現解析-SNP解析
  • 遺伝子の発現量とSNPが相関関係にある遺伝子の検出
エピゲノム解析-遺伝子発現解析
  • 転写因子の近傍の遺伝子の探索、転写開始点からの距離測定
  • メチル化領域の近傍の遺伝子の探索、転写開始点からの距離測定

次世代シーケンサーとマイクロアレイの対応状況

Partek Genomics Suiteは多数のメーカーの次世代シーケンサーやマイクロアレイに対応しています。
また、カスタムアレイにも対応しています。

次世代シーケンサー
  • サーモフィッシャーサイエンティフィック(ライフテクノロジーズジャパン) Ion S5, Ion Proton, Ion PGM
  • イルミナ HiSeq, NextSeq, MiSeq, MiniSeq
  • ロシュ・ダイアグノスティックス GS FLX+, GS Junior
マイクロアレイ
  • アフィメトリクス GeneChip
  • イルミナ BeadArray
  • アジレント・テクノロジー

機能一覧

入力機能
  • マイクロアレイファイル(Affymetrix, Illumina, Agilent, NimbleGen)、次世代シーケンサーデータファイル(SAM, BAM, ELAND)、TaqManqPCRデータファイル、アノテーションファイル、区切り文字入りテキストファイル(カンマ、タブ、スペース)、NCBI GEOファイル、BCF/VCFファイル、クリップボードを利用したコピー&ペースト
品質保証, 品質管理機能
  • QCメトリクスレポート(GeneChipのみ)、シグナル値の頻度分布、MAプロット、NCおよびヘテロコールの比率計算、リードあたりの重複アラインメント数、エクソン, イントロンへのリードのマッピング率
前処理機能、正規化機能
  • RMA、GC-RMA、LOESS、標準化(Quantile リファレンスデータ)、平滑化(平均値, 中央値, 移動平均, 加重平均)、Genomic Smoothing、フィルタリング、スケーリング、スプレッドシート統合(行、列)、データフィルタリング(行、列)、ランク付け、乱数発生、不要カラムの削除
統計解析機能
  • パラメトリック検定(t-test)、ノンパラメトリック検定、分散解析、多重検定、Remove Batch Effect, 検出力分析、χ2検定、フィッシャーの正確確率検定、主成分分析、自己組織化マップ、クラスター分析 (階層的, k-means)
アノテーション管理機能
  • アノテーションインポート機能(BED, GFF, GTF, Wiggle, refFlatに対応)、アノテーション自動更新機能(RefSeq, Ensembl, AceView, dbSNP, COSMIC, Database of Genomic Variants, miRBase, GENCODE, Affymetrix GeneChipライブラリファイル)、参照ゲノム配列管理(fasta, 2bit)
生物学的解釈支援機能
  • 遺伝子オントロジー解析機能(GO Enrichment, Gene Set ANOVA, GSEA)、Gene Ontologyデータのインポート(GMT, GAF)、パスウェイ解析ソフトとの連携(Patek Pathway)
グラフ機能
  • 統合ゲノムビューワー、2Dまたは3Dスキャッタプロット、ドットプロット、XYプロット、スター(ポリゴン)プロット、ボックスプロット、ヒートマップ、ボルカノプロット、フォレストプロット、 ヒストグラム、インテンシティプロット、ベン図、大容量ファイルビューワー
出力機能
  • プロジェクトデータ、テキスト、Bed, Wiggleファイル、画像ファイル(PNG, GIF, JPEG, TIFF, PPM, SVG, PS, PDF)、統計解析レポート、解析ログ
解析支援機能
  • 解析ワークフロー、プロジェクト管理機能、ユーザマニュアル、チュートリアル


関連製品

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遺伝子発現データベース
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