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ゲノムデータ解析ソフトウェア Partek

パスウェイ解析ソフトウェア Partek Pathway


Partek Pathway Partek Pathway

次世代シーケンサーやマイクロアレイの解析結果にパスウェイ情報で生物学的解釈を追加

Partek Pathwayは、Partek Genomics Suiteで次世代シーケンサーやマイクロアレイのデータを解析して得られた遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているパスウェイを抽出できます。 どのようなパスウェイが遺伝子リストにおいて有意に濃縮されているかを知ることで実験結果に生物学的解釈を得ることができます。 また、Partek Pathwayは遺伝子の発現情報から全体が協調して発現変動しているパスウェイや一部の遺伝子だけが発現変動していて全体では有意差が得られないパスウェイを抽出できます。 パスウェイの視点で遺伝子発現解析を行うことで遺伝子ごとの解析では得られなかった知見を得ることができます。 Enrichment Scoreや遺伝子発現解析の統計値(p値やFold Change)に基づいて色付けしたパスウェイ図を表示できるので、学会発表や論文の図として利用できます。 Partek PathwayはPartek Genomics Suiteとシームレスに連携しているため、Partek Genomics Suiteの各ワークフローからPathway EnrichmentやPathway ANOVAの機能を直接利用できます。

特長

次世代シーケンサーやマイクロアレイの解析結果に生物学的解釈を追加
  • 遺伝子リストに対するエンリッチメント解析
  • パスウェイごとに集約した遺伝子発現解析
  • 統計値で色付けしたKEGGパスウェイのマップ表示
Partek Genomics Suiteとシームレスに連携
  • Partek Genomics SuiteのワークフローからPartek Pathwayを起動
  • Partek Pathwayの解析結果はPartek Genomics Suiteに自動的に追加

機能

パスウェイ探索・抽出機能
Pathway Enrichment
  • 遺伝子リストに含まれる遺伝子が有意に濃縮されているパスウェイを抽出するPathway Enrichmentを搭載
    (フィッシャーの正確確率検定、χ二乗検定)
  • Enrichment Scoreの順にパスウェイを表示
  • 最もEnrichment Scoreが高いパスウェイをマップ表示
  • パスウェイに含まれる遺伝子群の有意な遺伝子発現変化を検出するPathway ANOVAを搭載
  • 全体が協調して発現変動している場合と一部の遺伝子だけが発現変動している場合で別々のp値を算出
優れたパスウェイコンテンツ
KEGG Authorized Service Provider
  • パスウェイコンテンツはKEGGデータベースを採用
  • 対応生物種はヒト、マウス、ラットなど
  • パスウェイデータは解析時に最新のコンテンツを自動ダウンロード
Partek Genomics Suiteとのシームレスな連携
  • Partek Genomics SuiteのワークフローからPathway Enrichment機能を直接利用可能
  • Partek Genomics SuiteのワークフローからPathway ANOVA機能を直接利用可能
  • Partek Pathwayの解析結果はPartek Genomics Suiteに自動的に追加
幅広いアプリケーションから抽出された遺伝子リストに対応
  • 次世代シーケンサーデータ解析の様々なワークフローで得られた遺伝子リストに対応
    mRNA-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, MeDIP-seq
  • マイクロアレイの様々なワークフローで得られた遺伝子リストに対応
    Gene Expression, Exon, miRNA, Copy Number, LOH, Methylation, ChIP on chip
優れた表示機能
Pathway
  • KEGGのWebサイトと同じマップ表示が可能
  • マップ上の遺伝子は解析結果(p値やFold Change)で色付け可能
  • KEGG, Ensembl, UniProtのWebサイトへのリンク
  • マップ表示は画像ファイルとして保存可能

関連製品

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遺伝子発現データベース
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