SciMAPSは、高い拡張性を備え、柔軟な利用を可能にするAPIとスクリプトを搭載しています。
APIは、外部アプリケーションへのインターフェースを作成し、SciMAPSに新たな機能を追加するプラグインとすることができます。APIにより組み込まれたアプリケーションは、スクリプトを通して自由にデータのやり取りが可能です。
さらに、プラグインを通じて読み出されたアプリケーションのデータは、スクリプトにより加工され、再びプラグインを通じてアプリケーションに受け渡すことができますので、さまざまなアプリケーションを自在に統合して利用することができます。
SciMAPSでは、これらを組み合わせることで、ユーザ独自の機能を追加し、目的とするシミュレーションや解析を行うことができます。